CBA zatrudnia blisko 1000 osób. W skład CBA wchodzą następujące jednostki organizacyjne:

1. Departament Operacyjno-Śledczy;

2. Departament Ochrony;

3. Departament Postępowań Kontrolnych;

4. Departament Analiz;

5. Biuro Techniki Operacyjnej;

6. Biuro Prawne;

7. Biuro Finansów;

8. Biuro Kadr i Szkolenia;

9. Biuro Logistyki;

10. Biuro Teleinformatyki;

11. Biuro Kontroli i Spraw Wewnętrznych;

12. Gabinet Szefa;

13. Zespół Audytu Wewnętrznego;

14. Delegatura CBA w Białymstoku;

15. Delegatura CBA w Gdańsku;

16. Delegatura CBA w Katowicach;

17. Delegatura CBA w Krakowie;

18. Delegatura CBA w Lublinie;

19. Delegatura CBA w Łodzi;

20. Delegatura CBA w Poznaniu;

21. Delegatura CBA w Rzeszowie;

22. Delegatura CBA w Szczecinie;

23. Delegatura CBA w Warszawie;

24. Delegatura CBA we Wrocławiu.