W skład CBA wchodzą następujące jednostki organizacyjne:

1. Zarząd Operacyjno-Śledczy;
2. Zarząd Postępowań Kontrolnych;
3. Zarząd Operacji Regionalnych oraz 10 delegatur (Białystok, Gdańsk, Katowice, Kraków, Lublin, Łódź, Poznań, Rzeszów, Szczecin, Wrocław);
4. Zarząd Analiz i Ewidencji;
5. Zarząd Techniki Operacyjnej;
6. Gabinet Szefa;
7. Departament Ochrony;
8. Departament Kadr i Szkolenia;
9. Departament Finansów;
10.  Departament Logistyki;
11.  Departament Teleinformatyki;
12.  Departament Prawny;
13.  Samodzielny Wydział Inspekcji;
14.  Zespół Audytu Wewnętrznego;
15.  Zespół Stanowisk do spraw Bezpieczeństwa i Higieny Służby.