W skład CBA wchodzą następujące jednostki organizacyjne:

1. Zarząd Operacyjno-Śledczy;
2. Zarząd Postępowań Kontrolnych;
3. Zarząd Operacji Regionalnych
4. Zarząd Analiz i Ewidencji;
5. Zarząd Techniki Operacyjnej;
6. Gabinet Szefa;
7. Departament Ochrony;
8. Departament Kadr i Szkolenia;
9. Departament Finansów;
10. Departament Logistyki;
11. Samodzielny Wydział Prawny;
12. Samodzielny Wydział Inspekcji;
13. Zespół Audytu Wewnętrznego.