CBA zatrudnia blisko 1300 osób. W skład CBA wchodzą następujące jednostki organizacyjne:
- Departament Operacyjno-Śledczy;
- Departament Bezpieczeństwa;
- Departament Postępowań Kontrolnych;
- Departament Analiz;
- Biuro Techniki Operacyjnej;
- Biuro Prawne;
- Biuro Finansów;
- Biuro Kadr i Szkolenia;
- Biuro Logistyki;
- Biuro Teleinformatyki;
- Gabinet Szefa;
- Delegatura CBA w Białymstoku;
- Delegatura CBA w Bydgoszczy;
- Delegatura CBA w Gdańsku;
- Delegatura CBA w Katowicach;
- Delegatura CBA w Krakowie;
- Delegatura CBA w Lublinie;
- Delegatura CBA w Łodzi;
- Delegatura CBA w Poznaniu;
- Delegatura CBA w Rzeszowie;
- Delegatura CBA w Szczecinie;
- Delegatura CBA w Warszawie;
- Delegatura CBA we Wrocławiu.